La Facultad de Ciencias y Humanidades nació el 13 de octubre de 1948 con el nombre de Facultad de HUMANIDADES, por acuerdo del Consejo Superior Universitario (CSU) durante el rectorado del Dr. Carlos A. Llerena; su primer decano fue el Dr. Julio Enrique Ávila. En su devenir histórico refleja un constante proceso de desarrollo y adecuaciones indispensables en toda institución académica-científica que tiene como propósito la formación de sujetos capaces de desenvolverse en las áreas científicas, técnicas, humanísticas, artísticas y culturales.

La Facultad de Humanidades estaba organizada por escuelas: de Filosofía y Letras; Ciencias de la Educación y la de Matemáticas y Ciencias Exactas, esta estructura administrativa se mantuvo hasta 1955; en ese año la Facultad de Humanidades experimentó su primera reestructuración durante la decanatura de Dr. Napoleón Rodríguez Ruíz.

Rodríguez Ruíz, en su decanatura, durante la reestructuración que realizó en la facultad, aún incipiente, surgieron las escuelas de Psicología, Historia y Ciencias Sociales, Periodismo e Idiomas; además se separaron Filosofía y Letras y desaparecieron la Escuela de Matemáticas y Ciencias Exactas. Hasta 1962 la Facultad de Humanidades funcionó con seis escuelas: Filosofía, Letras, Ciencias de la Educación, Ciencias Sociales, Periodismo y la Escuela de Psicología.

En 1963 durante la decanatura del Dr. Alejandro Dagoberto Marroquín se realizó una nueva reestructuración para darle vida a una reforma universitaria. El 26 de julio de ese mismo año, el CSU acordó fusionar las escuelas existentes: a) Escuela de Filosofía/ Letras, Periodismo/Idiomas, que comprendía los departamentos de Filosofía, Letras, Idiomas y Periodismo. b) Escuela de Psicología y Ciencias de la Educación. c) Escuela de Ciencias Sociales y Políticas, con los departamentos de Sociología, Arqueología e Historia y Ciencias Políticas.

La Facultad de HUMANIDADES se convirtió en Facultad de Ciencias y Humanidades por acuerdo del CSU el 1 de marzo de 1969 durante el rectorado del Dr. Angel Góchez Machón. En la nueva estructura administrativa de la Facultad de Ciencias y Humanidades surgieron los Institutos de Humanidades y Ciencias Sociales y el de Ciencias Naturales y Matemáticas. El primero quedó integrado por Filosofía, Psicología, Periodismo, Ciencias Sociales, Letras, Ciencias de la Educación e Idiomas Extranjeros, el segundo por los Departamentos de Física, Matemáticas, Biología y Química.

El 19 de julio de 1972, bajo la dictadura militar del Coronel Arturo Armando Molina, decide la intervención militar de la UES, la cual pasó a ser administrada por el Consejo de Administración Provisional de la UES (CAPUES), periodo oscuro de la historia universitaria, en esa fecha se decidió que los departamentos de Física, Matemática y Química se separaran de la Facultad de Ciencias y Humanidades, los dos primeros fueron incorporados a la Facultad de Ingeniería y Arquitectura y el Departamento de Química pasó a la Facultad de Química y Farmacia, quedando sólo el Departamento de Biología en la Facultad de Ciencias y Humanidades, además de las carreras Humanísticas.

Las decisiones del CAPUES incidieron negativamente en el proceso de desarrollo académico que estaba experimentado la Facultad de Ciencias y Humanidades. En 1986 surge la Escuela de Artes que inicialmente contemplaba las carreras de Plástica, Música y Teatro, de las cuales, las dos últimas no iniciaron y quedaron sólo como proyecto. Además, surgieron nuevas carreras en el Departamento de Ciencias de la Educación.

En 1991, durante el segundo rectorado del Dr. Fabio Castillo Figueroa, presentó al CSU el Proyecto de Creación de la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas, lo cual integró los saberes de Física, Matemática, Química y Biología. En 1992, el Departamento de Biología se separa de la Facultad de Ciencias y Humanidades para integrarse a la nueva Facultad creada por el Dr. Castillo Figueroa. Pese a este fortalecimiento de las Ciencias Exactas y su separación de las Ciencias Humanísticas, la Facultad de Ciencias y Humanidades conservó su nombre.

Desde 1993, la Facultad de Ciencias y Humanidades ha venido realizando esfuerzos para el fortalecimiento de la calidad académica de su planta docente y que ello impacte en el sector estudiantil, su planta docente se formó en maestrías y doctorados que la Universidad de El Salvador (UES) ofreció en convenio con universidades extranjeras hermanas, especialmente de España.

En el año de 1998, la UES firmó un convenio con el Ministerio de Educación (MINED), el cual permitió la incorporación de la carrera de Trabajo Social a la Facultad de Ciencias y Humanidades, específicamente a la Escuela de Ciencias Sociales, carrera que en el año 2000 se convirtió en Licenciatura en Trabajo Social; ese mismo año se creó la Licenciatura en Historia, durante el primer rectorado de la Dra. María Isabel Rodríguez, para la fecha fungía como decano de la Facultad, el Maestro Pablo de Jesús Castro.

El 13 de enero y 13 de febrero de 2001, dos terremotos dañaron drásticamente la infraestructura de los cinco edificios de la Facultad de Ciencias y Humanidades, el daño fue tan grave que todos los edificios fueron declarados inhabitables, los edificios fueron reconstruidos un año después, cuando la UES se convirtió en Villa Centroamericana de los Juegos Centroamericanos y del Caribe que se celebraron en San Salvador el año 2002.

En el año 2000, durante la decanatura del Lic. Pablo de Jesús Castro Hernández, creó la Unidad de Comunicaciones y se inició la edición del Búho Dilecto; dos años más tarde, en noviembre del año 2002, sale a circulación la IV Edición de la Revista HUMANIDADES, publicación de contenido Científico Humanístico de esta casa de estudios, una publicación que sigue circulando hasta la fecha.

En el año 2004, se crea el Centro de Enseñanzas de Idiomas Extranjeros (CENIUES), durante la Gestión de la Licda. Ana María Glower de Alvarado, un proyecto de venía funcionando como cursos libres de inglés adscrito al Departamento de Idiomas, ahora funciona como un proyecto Académico Especial adscrito al Decanato de la Facultad; el CENIUES imparte cursos libres de Inglés, Francés y Japonés.

Más adelante, en el año 2005 se crea la Licenciatura en Antropología Sociocultural, la cual queda adscrita a la Escuela de Ciencias Sociales, todo ello ha contribuido a que la Facultad de Ciencias y Humanidades se constituya en una mega Facultad, prueba de ello es que ahora administra tres doctorados, cinco maestrías, un Curso de Formación Pedagógica para Profesionales, trece licenciaturas, cuatro profesorados, 1 Técnico en Bibliotecología y diversos cursos libres de idiomas extranjeros.

Durante la Gestión del Lic. José Raymundo Calderón Morán, desaparece la IV Época de la Revista HUMANIDADES después de 11 ediciones de la publicación. Pese a ello, se fortalece el Búho Dilecto órgano de información y orientación de la Facultad de Ciencias y Humanidades, la publicación se encuentra en la página Web de la Universidad de El Salvador y a mediados de 2010 ha alcanzado las 20 ediciones durante la gestión en mención.

La demanda de las carreras humanísticas ha ido en aumento, tanto así que ahora cuenta con 280 profesores, 121 trabajadores administrativos y su población estudiantil llegó a 5,342 estudiantes en el 2,008. La historia de la Facultad de Ciencias y Humanidades es tan rica en contenido, su aporte a la sociedad salvadoreño incalculable, pues hasta el año 2007 entregó al pueblo salvadoreño 10,859 profesionales de las diferentes especialidades que oferta. Ya en la segunda gestión del Lic. José Raymundo Calderón (Periodo 2011-2015), en mayo del año 2013, el Departamento de Letras lanzó el nuevo proyecto de la Licenciatura en Biblioteconomía, una oferta académica de cinco años.